三菱ＱＤ６２の高速カウンターとオムロンエンコーダーE6C-CWZ5C ５００ＰＰＲを使用しています。
高速カウンター1相パルス入力方式１００ＫＰＰＳでＡ相をカウントすると１回転１０００ＰＬＳカウントします。
Ｂ相だと５００ＰＬＳカウントします。
なんでこうなるかわかりません。
教えていただけますでしょうか。
よろしくお願いいたします。

>高速カウンター1相パルス入力方式１００ＫＰＰＳでＡ相をカウントすると１回転１０００ＰＬＳカウントします。
>Ｂ相だと５００ＰＬＳカウントします。
本件、Ａ相とＢ相と両方同時に接続してるの？
Ａ相が２倍でＢ相が１倍ってのはアレ？ですが

http://www.mitsubishielectric.co.jp/fa/download/
高速カウンタユニットユーザーズマニュアル（詳細編）sh080035v
60/138ページ
##　1相パルス入力
##　1相パルス入力時には，1逓倍，2逓倍のカウント方法を選択することができます。
##　A相パルス入力と，B相パルス入力またはCH□減算カウント指令(Y3,YB)の関係を下記に示します。

よーするにＡ相とＢ相を同時に接続してはナラナイ！

出題者は横着して取説読んで無いんだろうなぁ。
この手のユニットはサラッ見でもいいから読まないと話にならんよ。
「5.1 パルス入力モードとカウント方法」見ましょう。

>高速カウンター1相パルス入力方式
１相モードを選択している時点でＢ相を話題に出すのが変。
このモードはＡ相のみをつないで、
別指令で正カウント、負カウントを切り替える方式。

正/負をプログラム側で切り替えるのは面倒だよね？
ということで、２相モードを使うのが一般的になっている。
（三菱も１相モードから先に記述してるのが罠っぽい）

２相モードは「Ａ相→Ｂ相」という順番で
パルスが入ってくるか「Ｂ相→Ａ相」の順番で
パルスが入ってくるかで正/負見分けるという方式。
Ａ相Ｂ相が連携している関係で、
Ａ相のパルス、Ｂ相のパルスと
個別にカウントするのに意味がない。
むしろＣＨ１パルス値だけ見ればよい。

結論
貴方は、接続と、動作モードを間違ってませんか？

E6C-CWZ5Cをググってみるともう1998年9月生産終了とのこと。もう25年以上前の設備？
察するに制御盤更新したらカウントが思い通りにならないということかな？
そのあたりの事情含めもう少し情報公開しないと的確なアドバイス難しいかな？

諸先輩の言われているように1相/2相パルスの理解不足からくる思い込み/勘違いか
ＱＤ６２のモード設定ミスの可能性が高いかな

接続と設定は、間違えありませんでした。
エンコーダーも壊れていませんでした。
サポートに電話しても、間違えないということでした。
カウントが２倍になるのは、理解できたので　ご意見ありがとうございました。

>カウントが２倍になるのは、理解できたので

↑

不思議な現象なので、どの様な事が起きていたのか開示していただけませんか。

投稿主がどのように腹落ちしたのか知りたい

（出題者もう去ったんじゃないの？　ココ割と投げっぱなし多い感）

勝手な推測だが、Ａ相、Ｂ相をモニタする事自体に意味が無く、
合成パルス値で見る必要判ったのじゃないの？

１相２逓倍動作で稼働しているなら、
Ａ相は倍量だし、Ｂ相は使ってない（フリーカウント）かな？

余談だけど
立ち回りや口調だけ丁寧だけど、何も調べてないまま質問するってのが多い。
本来は、自分で調べるだけ調べて、
「自分は取説を調べて〇〇と動くのを期待したけどどうもおかしい」
というように発言するのが正解。
（昔はよく何も考えずに上司に質問して怒られた）
おおかた、同じように考え無しに質問してる感が漂ってる、
と感じるのは私だけ？

いわゆる「クレクレ君」というやつ。教えてくれくれ君かな。